يهدف القسم الى تدقيق تطبيق القوانين و التعليمات المالية في كافة التصرفات المالية و الادارية في رئاسة الجامعة و كلياتها من اجل احكام السيطرة على الموارد المالية و الايرادات المحققة للوحدات الحسابية للجامعة وتطبيق التعليمات المالية والمحاسبية ومدى التزتمها بالقرارات والقوانين النافذة بما يحقق هدف الرقابة والتدقيق في الحفاظ على المال العام.
ويتألف من الشعب التالية :
شعبة الرقابة الداخلية:-
مراقبة كافة اعمال الجامعة من كافة النواحي ومتابعة تنفيذ ملاحظات ديوان الرقابة المالية مع اقسام الجامعة ودراسة الوضع المالي واعمال جرد الصندوق.
شعبة التدقيق الداخلي:-
تدقيق المعاملات الحاسبية قبل وبعد الصرف وكشوفات المصرف والحسابات الختامية وموازين المراجعة وابداء الملاحظات بشأنها والسجلات المحاسبية والسجلات كافة.
شعبة السيطرة المخزنية:-
اعداد برامج الجرودات المخزنية والموجودات ( المستمر , السنوي , المفاجئ) والمشاركة في لجان الجرد وتدقيق تقاريرها والقيام باعمال السيطرة المخزنية.