تتوزع جامعة الكرخ للعلوم على موقعين رئيسيين داخل محافظة بغداد، بما ينسجم مع طبيعة التخصصات الأكاديمية والإدارية فيها.
الموقع الأول: شارع حيفا
يضم هذا الموقع الأقسام والوحدات المرتبطة برئاسة الجامعة، إضافة إلى كلية التحسس النائي والجيوفيزياء، ويُعد المركز الإداري والعلمي المتخصص للجامعة في مجالات التحسس النائي وعلوم الأرض.
الموقع الثاني: أبو غريب
يحتوي هذا الموقع على الكليات العلمية والإنسانية التطبيقية، وتشمل كلية الهندسة، وكلية العلوم، وكلية علوم الطاقة والبيئة، وكلية الإدارة والاقتصاد، وكلية القانون، ويُعد موقعًا أكاديميًا متكاملاً يستوعب مختلف التخصصات التعليمية والبحثية.